El escudo de la Institución Educativa San Rafel guarda realción con los colores y significados de la bandera así como con la letra del himno institucional, refleja el engrandecimiento de la comunidad a través de la ciencia y la virtud, cultivando el conocimiento guiados por la luz de la justicia y la sabiduría.

En el centro del escudo encontramos un libro abierto que refleja el ansia de conocimiento, con una pluma que hace referencia al esfuerzo y dedicación con que se alcanza y por último una luz encendida que ilumina el camino hacia la virtud y la ciencia