De la educación oficial no hay datos precisos, inicialmente se ejercía en casas de familia. En el año de 1.923 se inauguró el edificio “Escuela Modelo” situado en la Calle “Atenas” que prestó sus servicios para Educación. Actualmente el edificio ha sido habilitado para “La Casa de la Cultura” y sede de algunas oficinas públicas. En este plantel ejercieron su profesión algunos educadores oriundos de esta población de los cuales recordamos a la señora Genoveva Pérez, la señorita Lucía Chavarriaga, Rosa Gómez, Graciela Martínez, María Fernández, además de algunos caballeros, de quienes recordamos a Don Martín Martínez. La escuela fue ampliando gradualmente sus servicios educativos hasta poder brindar en la década de los 50 al 60 el nivel de quinto grado de enseñanza primaria. Así fue creándose en el municipio la necesidad de un plantel para los estudios secundarios. La Parroquia dió los primeros pasos en esa dirección en el año de 1.963.

Para los años 1.964 y 1.965 fue puesto al servicio el local que se llamó “Casa Campesina”, se habilitó dicho inmueble para la construcción del edificio que actualmente ocupa la sección de Secundaria de la Institución Educativa. Entre sus fundadores se encuentran: El Presbítero Darío Meneses Vahos y la Madre Superiora de las Hermanas Vicentinas, Sor Sofía Sarmiento. También trabajaron en su construcción los sacerdotes Argiro Ochoa, Gabriel Ángel, Julio Uribe y René Botero.

El liceo inició labores como entidad oficial en el año de 1.966 y en 1.969 entrega la primera promoción de enseñanza básica secundaria, equivalente al 4º grado. Aprobado por resolución 2786 del 24 de Septiembre de 1.968.

Los primeros profesores de cátedra oficial fueron los señores Rodrigo Yépez y Luís Eduardo Saldarriaga. En el año de 1.977 se graduó la primera promoción de bachilleres académicos, estudios aprobados según resolución Ministerial 13072 de 18 de Noviembre de 1.977.

Desde sus comienzos hasta la fecha ha tenido los siguientes Rectores: Presbíteros: Darío Meneses Vahos, Rector por dos ocasiones, Julio Uribe, Jesús Emilio Lema y René Botero. Los señores Jorge Horacio López Cardona, Gabriel Ángel Pulgarín Álzate, Teresita Giraldo Velásquez, Edith Stella López Vargas y Pascual Palacio Lopera, Luz Marina Rúa Porras, José Honorato Moncada Tabares, Arnovio Mosquera, Edith y actualmente Dora Elena García Díez; Como Secretario Académico ejerció por varios años Walter Gutiérrez Arenas, en la actualidad se encuentra Patricia Gallego.

En el año de 1.989 se efectuó la visita de aprobación de estudios por los supervisores Jorge Olarte Tavera, Fanny Restrepo Y Teresita Carvajal, adscritos al Distrito Educativo 04 del municipio de Itagüí, les acompañó el Jefe de Núcleo Educativo Oscar Yépez Castrillón. Estuvieron en el Liceo del 4 al 10 de Octubre de 1.989, quedando aprobada la institución por cuatro años a partir de la fecha: (1.989, 1990, 1.991 y 1.992) La aprobación se hace según resolución 003856 de Octubre de 1.989. Para el año lectivo de 1.993, las Directivas del Liceo deben solicitar de nuevo visita de aprobación de estudios.

Para la comunidad fue un motivo de regocijo, el puntaje obtenido, el personal del Liceo recibió mensajes de congratulación y felicitaciones en el que hacer educativo.

En el año de 1.990, se crearon los anexos en el Alto del Corral y El Llano de San José. Estos empezaron funciones académicas con 12 alumnos, fueron autorizados por el Decreto Departamental Nº. 0793 del 21 de Marzo de 1.990.

En el Alto del Corral, los primeros educadores por el sistema de horas extras fueron: Fanny de los Dolores Marín Agudelo, Claudia Pineda, Juan Diego Bedoya y Jorge Sánchez. La coordinadora general fue la señora Fanny Agudelo Marín. El grado sexto funcionó en las instalaciones de la escuela en horario de 12m. a 6 p.m., de lunes a viernes. Funcionaron en jornada continua con clases de 45 minutos y descansos pedagógicos. Se cumplieron actividades de proyección social y comunitaria. Para la comunidad del corregimiento del “Alto del Corral”, este fue un gran aporte a su desarrollo y progreso.

En la sección del Llano de San José, los primeros educadores por horas cátedra fueron: Eucaris Ortiz Londoño y por horas extras María Norela Múnera Tamayo, Luz Mery Otálvaro Rodríguez y Gladys Bedoya Tabarez.

El grado sexto funciona en las instalaciones de la Escuela, lo hace en horario de las 12m. a las 6p.m.. Las clases tenían una duración de 45 minutos, de lunes a viernes con los respectivos descansos pedagógicos. Se realizaron actividades de proyección a la comunidad. La sección fue un valioso aporte al progreso de la vereda.

Las secciones dependían administrativamente del entonces Liceo “San Rafael”, es digna de resaltar la efectiva colaboración del Concejal Miguel Ángel Lopera quien fue gestor de la creación de los anexos.

En el año de 1.991, en la sección del Alto del Corral, funcionan los grados de sexto y séptimo de bachillerato, sirvieron en las áreas, los bachilleres normalistas María Nohemy Quiroz y María Graciela Cano Gaviria.

La sección de San José funcionó con el grado 7º, tenía 12 alumnos. Sirvió el área académica el bachiller pedagógico, María Eucaris Ortiz Londoño.

La autorización para el funcionamiento de los anteriores grados fue emanada por la División de Planeamiento Educativo de la Secretaría de Educación y Cultura del Departamento, según decreto 800 del 22 de Marzo de 1.991.

En el mes de Octubre de 1.991, durante los días 3,4,5 se celebraron los 25 años de vida educativa del IDEM, la programación realizada fue amena recreativa y cultural, se contó con el apoyo de la comunidad en general para la realización de las actividades programadas.

En 1.992, las secciones se convirtieron en alternativa educativa rural, en el Alto del Corral, funcionaban los grados sexto y séptimo con 12 y 19 alumnos respectivamente. En el Llano de San José, funcionaba el grado 8º con 12 alumnos, se vincula la bachiller pedagógico Gladys Emilce Montoya Vargas. La Doctora Beatriz Restrepo Gallego, Secretaria de Educación y Cultura, visita el IDEM, el 12 de Marzo de 1.993 y el 21 de Mayo lo hace el Jefe del Distrito, Lic. Rafael Sánchez López. El joven estudiante del grado 11º, René Gómez Montoya, obtiene el puntaje en las pruebas del ICFES de 378 puntos.

En 1994, se reinician los trabajos de remodelación de la planta física del IDEM y culminan en Julio del mismo año, con ello terminan los conflictos a causa del deterioro del edificio, remodelaron techos, pisos, aula múltiple. El Colegio presenta un aspecto más acogedor y mejoran sus servicios en todo sentido. Al finalizar el año lectivo se recibe la resolución de aprobación por tres años, la evaluación fue positiva en todos los sentidos.

Y en 1995, continúan las tareas de mejoramiento de la planta física se remodeló el segundo bloque con una inversión de once millones de pesos en asocio con el municipio, también se repararon las redes de alcantarillado. El colegio empieza su trabajo de adaptación a la Ley General de Educación con la elaboración de su Proyecto Educativo Institucional y concretamente el manual de Convivencia. Se realizan gestiones ante la Secretaría de Educación para la ejecución del Proyecto del Laboratorio de Ciencias Naturales.

Alcalde y el Consejo directivo de la Institución se insiste en la necesidad de tan importante obra, Con motivo de la realización del Proyecto de Mejoramiento de la Educación Básica en Heliconia se tiene un moderno laboratorio de Física y Química con los más novedosos elementos que se convierten en magnificas ayudas para mejorar notoriamente el aprendizaje. También se ha tenido acceso al aula de Informática que gran servicio ha prestado a la comunidad educativa.

Mediante Resolución 0688 de Febrero de 2003. El IDEM cambia de nombre y acorde a las exigencias de la ley 715 se fusiona con las Escuelas Sagrado Corazón del Hatillo y Cristo Rey. Entonces adopta el nombre de Institución Educativa San Rafael y ofrece servicios de Educación de Preescolar, Básica Primaria, Básica Secundaria y Media. El número de alumnos asciende a 740 en total que atienden: Un Rector, Un Coordinadora General, una educadora para el aula de Apoyo y 28 docentes más. La Institución inicia sus labores de adopción de un PEI para atender a los diversos niveles y también se trabaja en un Manual de Convivencia sujeto a las actuales circunstancias. Durante algunos años se trabaja en planes de adopción de un nuevo plan de estudios, se realizan esfuerzos de continuidad e integración en las diferentes áreas del conocimiento.

El 30 de Mayo de 2006 se expide una nueva resolución, la 112286 que reconoce todos los niveles y se aclara que es bachillerato académico.

Se retira para gozar de su jubilación la Coordinadora Socorro Valdés que por mucho tiempo había servido a la educación. También se retira el Auxiliar de servicios Administrativos, Walter Gutiérrez Arenas que había laborado muchos años vinculados a la educación siendo docente y luego Secretario académico. Le sucedió en el cargo María Patricia Gallego Romero quien ejerce sus funciones como Secretaria.

A partir del 26 de Noviembre de 2007 se inicia una fase crítica en la historia de la Institución. Desde 1.994 hasta una época muy reciente se había hecho mantenimiento y remodelación a la planta física. En el año 2007 presentaba un aspecto satisfactorio a no ser la necesidad de pintura, reparación de los pisos de la parte antigua y recuperar una parte del techo que presentaba algún deterioro por el desgaste de la tablilla y la madera que sostenía la estructura.

La Alcaldía, con el señor Asdrúbal Gutiérrez emprendió un ambicioso proyecto de remodelación y construcción de la sede de secundaria. La propaganda oficial hablaba de una moderna construcción que incluía los mejores servicios y las más óptimas comodidades. El Colegio fue desalojado abruptamente, el 26 de Noviembre y en medio de las más grandes dificultades tanto el personal como gran parte de su inventario fueron ubicados en la sede de Cristo Rey.

Se inició una etapa de demolición del edificio que sin contemplaciones de ninguna índole, el contratista fue derribando muros, bajando techos y destruyendo pisos. El plazo de entrega, que inicialmente fue de tres meses, se fue dilatando con el pretexto de fallas estructurales en la construcción. En términos de arquitectura, no se resistía un movimiento sísmico y representaba una amenaza contra la cantidad de personas que utilizaran sus instalaciones.

La parte antigua fue completamente demolida, el proyecto sometido a constantes interrupciones, más demoras. A finales del año 2008 sólo se preparaba la entrega de un bloque de dos pisos, con seis salones, dos oficinas y dos unidades sanitarias que al fin fueron entregados el 20 de Enero de 2009.

En el 2007 se inicia un periodo de crisis por la falta de planta física. La esperanza de ocupar una nueva se va perdiendo con el tiempo y en la medida, en que por temporadas indefinidas, se interrumpía la obra y no había suficientes explicaciones por parte de los responsables.

Se adopta un horario de emergencia. También se ocupan salones de la Casa de la Cultura. Ha sido una situación de dolorosas experiencias en la fijación de un horario de 12 del día hasta las seis de la tarde. Estudiantes y profesores ocupan recintos poco adecuados, en circunstancias climáticas adversas para el aprendizaje y sin la ayuda indispensable de medios didácticos que han sido guardados en lugares no apropiados donde la humedad ha contribuido a su franco deterioro.

La incertidumbre se ha apoderado de la comunidad educativa porque las respuestas a la continuidad de la obra no se dan y los plazos no auguran nada positivo.

A comienzos de año 2009, solo se hace entrega de una parte del edificio. De nuevo se trabaja en el horario de la mañana. En la nueva planta física se ubican seis grupos y en la Escuela, cinco. En la sede de primaria los estudiantes permanecen hacinados y en condiciones desfavorables para el aprendizaje. La sede de primaria de Cristo Rey, cuya construcción de tres plantas no representa ninguna seguridad por la estrechez de los accesos y por las dificultades y riesgos que se presentarían en caso de una evacuación urgente. Tampoco los espacios son cómodos. Como salones de clase, no tienen la suficiente dimensión, se llegó al caso de acondicionar oficinas para salones de clase. Lo cierto es que, no sabemos, hasta cuando seguirá la situación que se padece. La falta de espacios de aprendizaje, la falta de medios para brindar calidad en la educación que se imparte. Faltan los laboratorios, la sala de informática y demás ayudas didácticas.

En el año 2010 de no obtener respuestas positivas frente a la construcción de la nueva planta física se dieron una serie de situaciones de paro y visitas constantes a la oficina de infraestructura de secretaria de educación en la ciudad de Medellín por parte de: alcalde Jairo Humberto Cano, rectora Luz Marina Rúa porras, personero estudiantil Jorge Gallego, integrantes del consejo directivo y padres de familia; logrando que en el mes de octubre se aprobara un presupuesto de 1 079 000$ aproximadamente para la construcción del segundo módulo, que se iniciaría en el 2011.

Actualmente, años 2017, se cuenta con la terminación y adecuación total de dicha sede y la construcción de un nuevo edificio de 4 pisos, dotación de teatro, danza, chirimía y banda de rock, y Punto Vive Digital, que consta de equipos y salas de informática de última generación, estudio de grabación de radio y televisión y conexión a internet.