Esta dividida en tres franjas iguales, en forma horizontal y con los colores amarillo, blanco y verde.

La bandera de la Institución personifica a Heliconia, su fuerza su pujanza. La Historia del pueblo de la sal y las minas de carbón. Toda una tradición desde que el poblado fue fundado por los indios y descubierto por los españoles. Refleja el tiempo de la población que es una de las más antiguas del departamento.

El amarillo en la parte superior: Representa la luz, luz del saber, la búsqueda ansiosa del conocimiento y el encuentro con el ser humano en el más amplio sentido de permanente formación.

El blanco en el medio de la bandera: En la transparencia del blanco se vislumbra la calidad humana, los valores y la lucha como un desafío para ser mejores cada día. La educación que se da como trascendencia de ser humano partiendo de sus necesidades y contexto, la realidad histórica y el amor al terruño que nos vio nacer como signo de tradición perenne.

El verde en la parte inferior de la bandera : Representa la esperanza, el tibio amanecer de cada día con el ánimo decidido para aprender y esperar el cambio con la actualidad del conocimiento.