Con motivo de la celebración de los treinta años de fundación de la Institución Educativa San Rafael, las directivas de ella, empezaron a realizar gestiones para que el Colegio tuviera su himno. Para tal efecto se convocó a un concurso para seleccionar la letra. El 12 de Octubre de 1.997 durante el encuentro de Ex alumnos se escuchó por primera vez, el himno del Liceo interpretado por el maestro Jorge López, autor de su música y letra de Alberto Mejía quien se había convertido en el ganador del concurso.
El himno enfatiza la ciencia y la virtud como guías indiscutibles de la grandeza humana. Vuelve hacia sus fundadores como pioneros de una obra que permanece como símbolo de pujanza y formación de generaciones
CORO
Que en resplandores de luz
Engrandece nuestra historia
Con la ciencia y la virtud
I
De mi Antioquia montañera
Quiso la sabiduría y
Encontrar la primavera
Del honor y de la gloria
En el IDEM de Heliconia
Proclamó para su historia
Su cultura y su grandeza.
II
Las más grandes ilusiones
Que alegran al estudiante
En su recinto son dones
De un futuro más radiante
Que marcando su destino
Entre libros y canciones
Le ofrece a sus corazones
De Dios el amor divino
Sus fundadores le dieron
el rumbo de su esperanza
y una aleluya encendieron
en su juvenil confianza
Por eso en misión gloriosa
Para la patria es sendero
Para el hogar es promesa
y para Cristo alabanza.
Vigilantes estaremos
Conservando su pasado
y en alas del bien amado
la justicia y la humildad
Cultivando la bondad
La victoria alcanzaremos
Pues tiene nuestro liceo
Fulgores de eternidad
V
Y hasta el último celaje
Con gratitud sin demora
Para ver en su homenaje
Ensalzada su enseñanza
Su saber siempre encendido
Su final y sin olvido.